Le terme annotation est souvent employé dans le sens de marquage de document pour désigner les éléments délimités par les balises. Le marquage ne fait pas partie du contenu du document, il sert à ajouter de l'information sur la structure des éléments. Le marquage d'un document est une forme de méta données puisqu'il sert à définir les données. C'est vrai théoriquement, mais dans le cadre du Chantier en ingénierie documentaire, le sens de méta données a été réservé à ce qui constitue la référence externe du document pris globalement.